Structura organizatorică a CESTRIN, a cărei reprezentare grafică este redată în organigrama anexată aici, este o structură ierarhică în care sunt stabilite nivelurile de conducere și legăturile funcționale și organizatorice ale conducerii unității cu compartimentele de specialitate și cu compartimentele funcționale ( 4 Direcții, 1 Secție, 1 Unitate de Implementare a Proiectului, 5 Servicii, 10 Profile, 13 Compartimente ) din componența acesteia.